2003年卫生部同意中国医师协会设立医师奖。旨在通过表彰奖励做出突出贡献的医师队伍的代表。展示当代医师救死扶伤、爱岗敬业、乐于奉献、文明行医的精神风貌，弘扬我国医师开拓进取、刻苦钻研，在医学领域取得的优异成绩和对人类健康事业做出的重要贡献，促进我国医师队伍的行业建设和卫生事业的健康发展。
　　第一届中国医师奖2003年上半年发生非典予以推迟，后经各地、各部门的共同努力，首届中国医师协会中国医师奖经初评和终评，从候选人中最终评选出39名获奖医师，其中包括西医、中医、预防、口腔、保健等专业。首届中国医师协会扬子江杯中国医师奖颁奖典礼于2004年6月28日在北京国际会议中心举行。全国人大、政协和卫生部、民政部和中国医师协会的领导出席大会并参与颁奖。首届中国医师奖评选工作顺利完成，受到广大医师的欢迎和称赞。
　　第二届中国医师奖于2005年8月底启动，在征求各地评选部门意见的基础上，吸取首届评选工作的经验和不足之处，对评选办法进行了修订，使之更能充分体现中国医师奖的特色，更符合中国医师队伍的实际情况。
评选办法主要变动是：
　　1. 依据医师队伍现状，为保证每个省、市至少一名，本届名额适当放宽并做了调整，获奖医师名额有较大幅度增加。
　　2. 各地、各部门候选人分配名额按医师队伍大小分配，评选委员会对各地、各部门推荐的候选人只作资格审查，不再进行甄选。从而使各省、市、自治区、副省级城市，解放军，武警部队和新疆生产建设兵团在第二届中国医师奖评选中都有获奖医师，体现本奖项的普通性。
　　3. 候选人评选条件强调德才兼备，但更看重高尚的医德医风，以体现行业协会评奖的特色，与医学科技类评奖有所区别。
　　4. 规定每年从医时间少于3/4的卫生行政人员原则上不参与评奖，将本奖项授予一线工作的医师和基层医师，以体现医师协会和医师奖的特点。
　　第二届医师奖评选办法在8月10日中国医师协会第三次工作会议上得到了与会代表的赞成和肯定。10月29日，由杨镜主任委员主持，召开了第二届中国医师奖初评委员会，对各地、各部门报送的56名候选人进行了逐个评审，认为合乎评选资格，事迹优秀，一致同意，并对中国医师奖的评选提出了一些宝贵的建议和意见。由于时间较紧，加之部分省厅局启动较晚，报送材料未赶上初评委评审，初评后又收到报送的候选人65 名，故请终评委评议的第二届中国医师奖候选名单为65名。由于评审办公室人员能力有限，经验不足，请终评委在评审过程中多提改进意见，使以后的评选工作做得更好。